延续了其治愈奇幻的风格，讲述了孤僻少女林晓与神秘店主阿洞共同守护一家能实现人心愿的杂货铺的故事。这家店铺售卖如时光沙漏、灵感香薰等奇妙物品，每一个物件背后都承载着顾客的遗憾、思念与渴望。林晓在帮助他人的过程中逐渐敞开心扉，与阿洞建立了超越常人的羁绊，并揭开了杂货铺百年秘密的一角。
一位严厉的父亲送来一块破碎的怀表，希望修复与儿子争吵的裂痕。阿洞用“共情齿轮”修好了表，父亲透过齿轮看到了儿子视角下的委屈与爱，最终选择主动和解。
少女拿着过期的演唱会门票前来，阿洞将其投入“遗憾焚烧炉”，火焰中浮现出她因备考而错过的与挚友最后的见面机会。少女释然，明白有些告别是为了更好地前行。
林晓在整理仓库时发现一本泛黄的日记，里面记录了阿洞百年前与第一任店主的约定。阿洞首次向林晓透露，他并非人类，而是被店主用魔法点化的杂货铺精灵。
一位失声的歌手来到杂货铺，阿洞递给她一杯“回响花茶”。歌手喝下后，在梦中与多年前那个在街头勇敢歌唱的自己重逢，找回了对音乐纯粹的热爱。
一位自我怀疑的画家买下“镜像画布”，画布会倒映出作画者内心最真实的情感。当画布上浮现出他从未画过的、充满爱的全家福时，他决定回家与父母团聚。
一位守财奴老人拿来一枚奇怪的硬币，阿洞告诉他这是“倾诉币”，可以听见钱币前任主人的故事。老人听后明白，钱的意义在于流动与帮助，而非囤积。